A To Love Ru: Trouble - Darkness ott folytatja a sztorit, ahol a Motto To Love Ru: Trouble abba maradt, Yuuki Rito nem éppen hétköznapi életét meséli el ezúttal Momo szemszögéből. Momo elhatározza, hogy megalkotja Ritónak a háremét, bár Rito nem nagyon van oda az ötletért. A történet eddigi két női főszereplője, Sairenji Haruna és Lala Satalin Deviluke most a háttérbe szorulnak, ezúttal Momo és Yami-chan kerül középpontba.